継続管理勘定は、ジュニアNISA専用の特別勘定です。ジュニアNISA口座で購入した株式や投資信託は最長5年間の非課税期間がありますが、新規買付が終了した2023年分を含め、この期間が満了した後でも、受贈者（子ども）が18歳（その年の1月1日時点で18歳）になる前年の12月31日までは、非課税のまま保有を続けられる仕組みが用意されています。その保管場所となるのが継続管理勘定です。

継続管理勘定に移された商品は追加購入やスイッチングができず、売却した資金を再投資することもできません。移管時点の評価額が、その後の取得価額としてみなされ、配当や分配金、譲渡益は引き続き非課税で扱われます。18歳到達の前年末を迎えると、残っている資産は課税口座に払い出され、以降の運用益は課税対象となります。

一般NISAやつみたてNISAには継続管理勘定は存在せず、非課税期間満了後は課税口座へ払い出される（またはロールオーバー終了分は課税扱いで保有を継続）仕組みです。2024年開始の新NISAでも継続管理勘定は設けられていないため、同勘定はジュニアNISAに特有の制度である点に注意が必要です。