投資収益の課税方式の違いとは？総合課税・申告分離課税・源泉分離課税を徹底解説

総合課税とは？所得を合算して累進税率で課税される仕組み

総合課税とは、給与・年金・副業収入・不動産収入など、複数の所得を合算して1つの課税対象とし、所得金額に応じた「累進税率」で税額を計算する制度です。所得が増えるほど高い税率が適用されるため、収入が多い人ほど税負担が重くなります。

所得税の税率は5％～45％の7段階に分かれ、これに加えて住民税が一律約10％課されます。

主に総合課税の対象となる所得

• 給与所得：サラリーマンや役員報酬など
• 事業所得：個人事業主の売上・利益
• 不動産所得：賃貸収入など
• 雑所得：公的年金、講演料、副業収入など
• 一時所得：満期保険金、懸賞金など
• 一部の利子・配当所得：外国預金の利子や非上場株の配当など（源泉分離・申告分離で処理できないもの）

税率のしくみ

• 所得税：5％～45％（課税所得に応じて7段階）
• 住民税：原則一律10％前後
• 所得控除（基礎控除・扶養控除など）を差し引いた課税所得に対して税率を適用します。

総合課税の特徴と留意点

• 複数の所得を合算して課税するため、事業所得と給与所得などがある場合、それぞれを合計して累進税率を適用します。
• 損益通算が可能な場合があるため、たとえば不動産所得の赤字を給与所得と相殺するなどの節税策も取れます（所得区分によって制限あり）。
• 配当控除などの税額控除が使えるケースもあります（上場株式の配当などをあえて総合課税で申告する場合）。
• 高額所得者になると税率が上がる反面、金融所得が中心の富裕層では申告分離課税を選ぶことで税率が一定に抑えられ、「1億円の壁」と呼ばれる実効税率の逆転現象が社会的な課題として議論されています。

全世界所得課税のルールは以下の記事で詳しく解説しています。

申告分離課税とは？投資家が知っておきたい税制の基本

申告分離課税とは、特定の所得を他の所得と分けて申告・課税する制度です。給与所得などと合算せず、それ単体で税額を計算し、原則として確定申告で納税します（この点が総合課税との大きな違いです）。

主に、金額が大きく変動しやすい所得に対して適用され、所得税・住民税を合わせた一定の税率（多くは20.315%）がかかります。

主な対象となる所得と税率

• 上場株式やETFの譲渡益（売却益)所得税15.315％＋住民税5％＝合計20.315％で課税。
• 上場株式・ETF・REITなどの配当・分配金確定申告することで申告分離課税を選択可能。譲渡損失との損益通算が可能。
• 特定公社債の利子や分配金（例：国債、社債投信）原則20.315％の申告分離課税。株式譲渡損との通算も可能。
• 先物取引やFXの利益（差金決済取引）「雑所得」の中でも分離課税扱い。20.315％で課税。

土地・建物の譲渡益所有期間により税率が異なる（短期・長期）。退職所得や山林所得、特別な計算方法で分離課税される（税率は別途定めあり）。

申告分離課税の特徴

• 一律税率：所得が高くても税率は一定。総合課税に比べて高所得者ほど有利になる傾向があります。
• 損益通算の可否：原則として他の課税区分とは損益通算できません。ただし、同じ申告分離課税内であれば通算可能（例：株式譲渡損と配当益）。
• 申告の要否：源泉徴収だけで完結する制度（特定口座源泉あり）もありますが、損益通算や配当控除を使うには確定申告が必要です。
• 変更不可：申告分離課税を選んだ場合、あとから総合課税へ切り替えることはできません。所得税・住民税とも同じ方式で申告が必要です。

源泉分離課税とは？申告不要で完結するシンプルな課税方式

源泉分離課税とは、所得を受け取る際に、支払者があらかじめ決まった税率で税金を源泉徴収し、その時点で納税が完結する課税方式です。原則として確定申告は不要で、他の所得とは完全に切り離して処理されます。

税金が自動的に差し引かれるため、少額の利子でも確実に課税されますが、損益通算や税額控除を活用した節税はできません。

主な対象となる所得

• 預貯金の利子（普通預金・定期預金など）：受取時に20.315％（所得税15.315％＋住民税5％）を自動で源泉徴収。
• 公社債の利子（ただし、2016年以降の特定公社債は申告分離課税を選択可）
• 割引債の償還差益や、懸賞付き預金の当選金税率に一部例外あり（例：割引債は18.378％など）。
• 私募の特定目的信託や私募公社債投信の分配金個人投資家には一般的ではないが対象に含まれる。

税率と課税の仕組み

• 原則20.315％（所得税15.315％＋住民税5％）が源泉徴収され、その場で納税完了。
• 少額でも必ず課税され、確定申告は不要。
• 他の所得との損益通算、税額控除、還付申請などはできません。

特徴と注意点

• 申告の手間がかからない点は大きなメリットです。
• 一方で、他の損失と相殺できないため、たとえば預金利子に対して株式で損をしていても、税金は返ってきません。
• 少額利子にも課税されるため、非課税口座（NISAなど）を併用することで節税が可能です。

補足：申告不要制度との違い

上場株式の配当金や特定口座内の株式譲渡益には「申告不要制度」があり、確定申告をあえて行わなければ、源泉徴収（20.315％）だけで納税を完結できます。

この制度は厳密には源泉分離課税とは異なりますが、「源泉徴収だけで済む」という点で実務的には似ています。ただし申告しない場合は、配当控除や損益通算が使えなくなるため、自分にとって有利な課税方法を選ぶ必要があります。

資産クラス別に見る課税方法と留意点

複数の資産に投資する場合、それぞれの収益に対して適用される課税方式や損益通算の可否を把握しておくことは、税負担の最適化において非常に重要です。この章では、代表的な資産クラスごとに課税方式の特徴と留意点を整理し、制度の違いを実務に活かす視点で解説します。

上場株式・ETF・投資信託・REITの課税方法解説

これらの資産クラスは、個人投資家にとって最も一般的な投資対象です。譲渡益、配当、分配金など複数の収益形態があり、それぞれに異なる課税ルールが設けられています。特定口座や申告方法の選択によって、納税手続きや税負担が大きく変わる点に注意が必要です。以下では、収益の種類ごとに課税方法と申告パターンを整理します。

譲渡益の課税と口座別の違い

上場株式やETF、投資信託、REITの売却益（キャピタルゲイン）は、申告分離課税の対象で、一律20.315％（所得税15.315％＋住民税5％）の税率が適用されます。

• 特定口座（源泉徴収あり）を使えば、税金は自動的に差し引かれ、確定申告は不要。
• 源泉徴収なしの口座や一般口座では、年間20万円を超える譲渡益があると確定申告が必要です。

未上場株式の売却益も原則として申告分離課税（税率約20％）の対象ですが、自動的な源泉徴収はなく、確定申告による納税が必要です。親族間売買や大口株主の取引など、特例的なケースでは課税方法が異なる場合があります。

株式の損益通算と繰越控除

同じ年内の株式譲渡損失と利益は損益通算が可能です。損失が残る場合は、翌年以降3年間の繰越控除も認められています（要確定申告）。

例：今年▲100万円の損失、翌年＋100万円の利益がある場合、翌年の納税額をゼロにできる。

配当・分配金の課税と選択肢

配当金・分配金には源泉徴収（20.315％）が行われ、申告不要とすることも可能ですが、状況に応じて以下の課税方法を選択できます。

• 総合課税：他の所得と合算し、累進税率が適用。所得に応じた配当控除（最大10％＋住民税2.8％）が利用可能。
• 申告分離課税：一律20.315％で課税。他の所得と合算せず、株式譲渡損との損益通算が可能。ただし配当控除は適用不可。
• 申告不要：源泉徴収のみで納税が完結。配当控除・損益通算は不可だが、高所得者に有利な場合あり。

※住民税の課税方式も所得税と一致させる必要があります。

投資信託・ETFの分配金と配当控除の可否

株式型投資信託の普通分配金も、基本的には上場株式の配当と同様の取り扱いです。総合課税・申告分離課税・申告不要の選択が可能です。

ただし、J-REITの分配金や海外ETF・外国株の配当など、配当控除が適用されないケースもあるため、申告方法の選択には注意が必要です。

大口株主・非上場株式の配当

• 発行済株式の3％超を保有する株主の配当、非上場会社からの配当は総合課税が原則です。
• 所得税は20.42％が源泉徴収され、住民税分は申告により納付。
• 申告不要制度は使えず、配当控除か譲渡損との通算のいずれかを選ぶ必要があります。

債券投資の課税方法解説

債券は、元本の返済に加え、利子や売却益といった収益が得られる資産クラスです。国内債か外国債か、または公社債かどうかによって、課税方法や損益通算の可否が異なります。以下に、債券投資に関わる主な税務上の取扱いを整理します。

債券利子の課税方法

国内の特定公社債（国債・地方債・社債など）の利子には、20.315%の源泉徴収が行われ、申告分離課税として他の金融所得（株式譲渡益など）と損益通算が可能です。申告しない場合は、源泉徴収のみで納税が完結します。

一方、定期預金や貸付信託の利子は源泉分離課税の対象となり、他の所得との損益通算はできません。

債券の譲渡益の課税

特定公社債を売却して得た利益も、2016年以降は申告分離課税（20.315%）の対象です。損失が出た場合は、株式や債券の利子などと損益通算することができます。

外国債券の課税と注意点

海外で発行された外貨建債券の利子は、総合課税として累進税率が適用されます。日本で源泉徴収されないため、確定申告が必要であり、外国で課税されている場合は外国税額控除の対象となります。

海外投資の税源泉についてはこちらのQ&Aもご参照ください。

不動産投資

賃貸収入の課税と損益通算

不動産の賃料収入は「不動産所得」として総合課税されます。必要経費（減価償却費・ローン金利・固定資産税など）を差し引いた所得が他の所得と合算され、累進税率が適用されます。赤字の場合は給与所得などと損益通算が可能です。

2021年以降、海外不動産に係る減価償却費を利用した損益通算は原則認められなくなりました（租税特別措置法）。

不動産の譲渡益に対する課税

不動産を売却して得た譲渡益は申告分離課税の対象で、所有期間によって税率が異なります。

• 長期（5年超）：20.315%
• 短期（5年以下）：39.63%

居住用財産には3,000万円控除などの特例もあります。

譲渡損失と特例の有無

原則として、不動産の譲渡損失は他の所得と損益通算できません。ただし、自宅を売却して損失が出た場合に限り、一定の要件を満たすことで通算や繰越控除が認められます。

不動産は、継続的な賃貸収入と、売却時の譲渡益という2つの収益形態がある資産クラスです。減価償却やローン金利などの経費計上、さらには居住用不動産の特例など、税務処理が複雑になりやすい特徴があります。以下に主な論点を整理します。

デリバティブ取引の課税方法解説

デリバティブ取引とは、為替や株価指数、商品などを原資産とする先物やオプション取引を指します。これらは他の金融商品とは課税区分が異なり、申告分離課税の対象である一方、損益通算できる範囲が限られています。以下に、主な課税方式と損益管理上の留意点を解説します。

対象取引と課税方法

FX、先物、オプション、商品先物取引などのデリバティブ収益は「先物取引に係る雑所得等」として分類され、申告分離課税（20.315%）が適用されます。株式などとは損益通算ができません。

損益通算と繰越控除

同じ先物取引等の損益同士であれば通算可能で、損失は3年間繰り越し控除が可能です（確定申告が必要）。株式・債券との通算はできないため、投資区分ごとの損益管理が求められます。

FXや先物取引などのデリバティブ商品は、申告分離課税の対象となる一方で、株式や債券とは損益通算の枠組みが異なります。これらの取引では、所得分類や通算可能な範囲を明確に理解しておくことが重要です。

暗号資産（仮想通貨）投資

暗号資産は、近年広がりを見せる新しい投資手段ですが、現行の税制では他の金融商品とは異なる取扱いがなされます。特に、雑所得としての課税、損益通算の不可、繰越控除の対象外といった点が大きな特徴です。将来的な税制改正の動きにも注目しつつ、現行制度を踏まえた対応が求められます。

現行の課税制度

暗号資産の売却益や交換差益は雑所得として総合課税され、他の所得と合算して累進課税が適用されます。損益通算や損失繰越は認められておらず、課税上の扱いは不利です。

適用対象と税率の影響

現物取引やDeFi収益も原則として雑所得扱いです。最大55%近い税率が適用されるため、利益確定時には納税資金の確保が重要です。

税制改正の動き

2024年末の税制改正大綱において、暗号資産への申告分離課税導入の検討が明記されました。将来的には20.315%課税＋損益通算の対象となる可能性があり、制度動向に注視が必要です。

暗号資産は近年注目されている投資対象ですが、現行では他の金融資産と異なる税制が適用されています。売却益は雑所得として総合課税の対象となるため、課税負担が重くなりやすく、損益通算も制限されています。将来的な税制改正も見据えながら、現時点の制度を理解しておく必要があります。

損益通算と損失繰越の仕組みと実務上の留意点投資による利益には税金がかかりますが、一方で損失が出た場合には「損益通算」や「損失繰越控除」を活用することで、税負担を軽減できる可能性があります。ただし、これらの制度は「どの所得とどの所得が通算できるか」「繰越が可能かどうか」といった点で複雑なルールが定められており、適切に理解しておかなければ、本来受けられるはずの節税効果を逃すおそれもあります。

ここでは、損益通算・損失繰越の基本的な仕組みから、総合課税・申告分離課税における通算の可否、実際に制度を活用するための手続き上の注意点まで、体系的に整理します。

損益通算と損失繰越の基本

損益通算とは、ある所得の黒字と他の所得の赤字を相殺して、課税所得を減らす仕組みです。損失繰越とは、その年に控除しきれなかった損失を翌年以降に持ち越し、将来の黒字と相殺できる制度を指します。いずれも、投資を行ううえで税負担の軽減に直結する重要な制度です。

日本の税制では、所得の種類ごとに損益通算や損失繰越の可否が細かく定められており、特に金融所得については明確な区分が設けられています。

含み損と実現損については以下の記事で詳しく解説しています。

総合課税における損益通算の範囲

総合課税に該当する所得（給与所得・年金・事業所得・不動産所得など）は、原則として損益通算が可能です。たとえば、不動産所得の赤字は給与所得と相殺できます。

ただし、雑所得や一時所得の赤字は他の所得と通算できません。副業収入や仮想通貨取引などの雑所得が赤字でも、給与所得などと相殺することはできず、その年限りで切り捨てとなります。なお、雑所得内で複数の収入がある場合は内部通算は可能です。

不動産所得については、国内の減価償却による赤字は通算可能ですが、海外不動産による損失については近年の税制改正で制限が強まり、通算不可とされるケースが増えています。

申告分離課税における通算の制限

申告分離課税の所得は、基本的に「同じ区分内」でしか損益通算できません。たとえば、上場株式の譲渡損益と配当所得は同じ区分にあるため通算可能です。先物取引等の雑所得についても、その区分内での通算が可能です。

一方、株式の譲渡益とFX（先物取引等）の損失は異なる区分に属するため通算できません。たとえば、株式で100万円の利益、FXで100万円の損失があっても、税制上はそれぞれ別計算となり、株式には課税され、FXの損失は翌年以降の繰越に回すしかありません。

同様に、土地や建物の譲渡損（申告分離課税）は、他の所得とは一切通算できません。

損失の繰越控除の条件と適用範囲

損失の繰越が認められるのは、申告分離課税の対象となる株式や先物取引等の所得、そして一部の総合課税所得に限られます。たとえば、株式の譲渡損失や先物取引による損失は、確定申告を行えば3年間にわたり繰り越しが可能です。

ただし、仮想通貨取引など総合課税の雑所得で生じた損失は、繰越が認められません。翌年以降に相殺することはできず、その年限りで損失が消滅します。

不動産所得や事業所得については、青色申告を行っている場合に限り、「純損失の繰越控除」が適用される可能性があります。これは災害損失など特例条件を満たす必要があります。

損益通算・繰越控除を適用するための手続き

損益通算や損失の繰越を行うには、まず損失が発生した年の確定申告が必須です。たとえ特定口座で源泉徴収されていても、損失を翌年以降に持ち越したい場合は、確定申告を行わなければなりません。

また、繰越控除を適用する各年についても、継続して毎年確定申告を行う必要があります。一度でも申告を欠かすと、繰越分は失効してしまいます。

さらに、複数の証券会社で口座を保有している場合、異なる証券口座間の損益は自動で通算されません。通算するには自ら確定申告でまとめて申告する必要があります。税金の還付を受けるためにも、この点は重要な留意事項です。

最近の税制改正動向と今後投資家が注意すべきポイント

日本では近年、金融所得課税や資産課税に関する制度改正が相次いでおり、投資家の資産運用に直接影響を与えるテーマが増えています。2024年には新NISA制度の恒久化が実現し、非課税制度の拡充が大きな前進となりました。一方で、暗号資産の分離課税化、金融商品の損益通算範囲の拡大、金融所得を社会保険料に反映する制度設計、さらには富裕層への課税強化といった重要な論点は、現在も検討・議論が進行中です。

本章では、2025年時点で投資家が注目すべき「今後の検討項目」に焦点を当て、それぞれの背景と実務への影響を整理します。

金融所得課税の一体化と損益通算の拡大

政府・与党は、株式・債券・デリバティブ取引など異なる金融商品間で損益通算を可能にする「金融所得課税の一体化」に向けた議論を進めています。現行制度では、上場株式と特定公社債との間では通算が可能ですが、FXなどのデリバティブとは通算できません。

2024年度の与党税制改正大綱では、デリバティブ取引を含めた通算の方向性が示されており、金融庁も2025年度の税制改正要望に「上場株式とデリバティブ間の損益通算拡大」を明記しています。実現すれば、ポートフォリオ全体での損益調整が可能となり、税務上の柔軟性が飛躍的に高まる見込みです。

「1億円の壁」と富裕層への課税強化の議論

現在の税制では、給与所得や事業所得には累進課税が適用される一方、上場株式の売却益や配当などの金融所得は、原則として一律約20％の申告分離課税となっています。

そのため、給与所得中心の人と比べて、金融所得の比率が高い富裕層ほど全体の税負担率（実効税率）が下がる逆転現象が生じており、特に年収が1億円を超える層を境に税率が下がる傾向が可視化されています。これがいわゆる「1億円の壁」と呼ばれる問題です。

岸田政権は2021年の自民党総裁選でこの逆転現象の是正を掲げ、金融所得に対する課税の見直し（累進化など）を検討しましたが、「投資促進と逆行する」「富裕層の国外移転を招く」といった慎重論も根強く、現在まで具体的な制度改正には至っていません。

ただし、将来的には以下のような見直しが再び議論される可能性があります。

• 高額な金融所得に対する段階的な税率引き上げ
• 一定額以上の金融所得を総合課税に組み入れる措置
• 富裕層向けの新税（グローバルミニマムタックス的な構想含む）

今後、資産規模や所得構成によって税制上の扱いが変わる可能性があるため、金融所得の位置づけや分離課税の制度的背景を理解しておくことが、中長期的な資産管理において重要となります。

金融所得を社会保険料に反映する制度設計の動き

国民健康保険や後期高齢者医療制度、介護保険において、金融所得を保険料算定の基準に含める制度改正が検討されています。現在は「源泉徴収ありの特定口座」を使っている限り、金融所得が保険料に反映されず、結果的に高所得層ほど負担が軽いという不公平が指摘されています。

政府はこの是正に向けて、マイナンバーを通じて所得情報を把握し、確定申告を行わなくても保険料に反映される仕組みを2028年度の導入に向けて設計中です。対象は主に自営業者や年金受給者であり、会社員が加入する被用者保険（協会けんぽ・健保組合等）は当面対象外とされます。

なお、新NISA口座内の非課税取引については保険料算定の対象外とする方針が明示されており、制度上の優遇性は引き続き保たれる見込みです。

暗号資産の分離課税化に向けた議論と備え

これまで暗号資産による利益は雑所得として総合課税の対象とされており、最大で55%の累進税率が適用される可能性がありました。また、損益通算や損失繰越も認められていません。

こうした不公平感を是正するため、2024年末の与党税制改正大綱では、暗号資産の申告分離課税（20%）への見直し方針が明記されました。2025年に入ってからも、自民党Web3プロジェクトチームや金融庁による制度設計が継続しており、年末の税制改正大綱で結論が示される可能性があります。

ただし、現時点では制度変更は未確定であり、2025年分の確定申告では引き続き現行の総合課税ルールが適用されます。制度変更が実現すれば、損益通算や損失繰越が可能となり、申告の実務や売却タイミングの考え方に大きな影響が出ると考えられます。

暗号資産に投資している方は、制度移行の時期や適用範囲に関する情報を定期的に確認し、取引履歴の整備や損益計算ツールの導入など、準備を進めておくことが重要です。