医療費控除2025年版ガイド：対象費用・計算式・e-Tax申告まで完全解説

医療費控除の仕組みと節税インパクト

医療費控除の要件を満たし、確定申告をすれば、所得税や住民税を軽減できます。まずは、医療費控除の基本的な仕組みから見ていきましょう。

医療費控除とは何か──2025年時点の計算式と控除額

医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間に本人や生計を一にする家族のために支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から差し引かれる所得控除制度です。

保険金などで補填された分は、差し引いて申告しなければなりません。純粋に自己負担した医療費のみが、控除対象になる点がポイントです。

年間医療費が基準額を超えていれば、その超えた部分が所得控除となり、納める所得税・住民税が軽減されます。

たとえば、年間50万円の医療費（保険金補填なし）を支払った場合、控除額は40万円です。所得税率が20％の方は8万円の所得税が還付され、翌年の住民税を4万円軽減できます（住民税の税率は一律10％）。

なお、医療費控除の適用を受けるには確定申告（還付申告）が必要で、個別に手続きを行わなければなりません。なお、この控除は本人以外の家族の医療費も合算でき、5年間の遡及申告（還付申告）も可能です。

仮に申告を忘れても5年以内であれば手続きできるため、対象年の翌年1月1日から5年以内に還付申告すれば税金が戻ってきます。

高額療養費制度との違い

高額療養費制度とは、公的医療保険の給付制度です。1か月間の自己負担医療費が所得区分ごとの上限額を超えた場合に、超過分が後から払い戻される仕組みです。

高額療養費制度は、医療費発生時の経済的負担を直接的に軽減する制度であり、税金の控除ではありません。医療費が高額になった場合は、まず高額療養費制度で月ごとの負担を減らし、それでも年間自己負担が多い場合は医療費控除で税の還付を受ける、というイメージです。

なお、高額療養費や出産育児一時金など公的医療保険から支給された金額は、医療費控除計算時に医療費から差し引きます。

高額療養費に関しては、こちらのFAQで詳しく解説しています。あわせてご覧ください。

セルフメディケーション税制との違い

セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）は、一定の条件を満たした人がスイッチOTC医薬品の購入費用について、控除を受けられる制度です。年間1万2千円を超えた部分（上限8万8千円）を所得控除できる点で、医療費控除と似ています。

対象はOTC医薬品の購入費のみで、医療機関への支払いは含みません。医療機関にかからず、市販薬で治療を行う際に、医療費の実質的な負担を軽減する制度といえるでしょう。

なお、セルフメディケーション税制を利用するには、対象年度に健康診断や予防接種など一定の取り組みを行っている必要があります。

医療費控除とセルフメディケーション税制の使い分け

医療費控除とセルフメディケーション税制は、どちらか一方のみ適用できます。どのように使い分ければよいのかを整理しました。

なお、一度申告で適用した制度は後日変更することができません（修正申告や更正の請求でも選択変更不可）。その年にどちらの制度を使うか迷ったら、国税庁のツールやファイナンシャルプランナーなどへの相談を活用し、より節税になる制度を選択しましょう

年収別の減税シミュレーション（600万／900万／1,200万）

医療費控除による節税メリットは、所得税率の高い高収入者ほど大きくなります。控除額そのものは所得に関係なく算出されますが、それによって軽減される税金額は、適用される税率（所得税＋住民税）に応じて異なるためです。

医療費控除額が同じ場合でも、年収によって還付額・減税額がどれほど変わるかシミュレーションしてみます。なお、前提条件は支払った年間の医療費が50万円で、医療費控除は40万円というケースを想定します。

上表のように、医療費控除額自体は同じでも、適用される税率が高いほど戻ってくる税金は増えます。実際の所得税率は累進課税で細かく区分されていますが、高収入層では住民税（一律10%）と合わせた実効税率が30～40%を超えるためです。

対象になる医療費・ならない医療費の判定フロー

医療機関に対して支払った費用のすべてが、医療費控除の対象になるとは限りません。

以下で、医療費控除の対象になる支出とならない支出をまとめます。

診療費・薬代・通院交通費の基本ルール

医療費控除の対象となる費用は、「治療」を目的として医師または歯科医師の診療や処方を受けるために必要な支出です。具体的には、以下のような費用が含まれます。

予防や美容目的の支出は原則として含まれず、交通費については患者本人が通院するために必要なものに限られます。公共交通機関のICカードで支払った電車・バス代など領収書の出ないものは、メモや家計簿などで日付・区間・金額を記録しておき、申告時に備えましょう。

歯科インプラント・矯正・不妊治療・レーシック等の扱い

医療費控除の対象範囲は、公的保険の適用・非適用にかかわらず、治療目的であれば広く認められます。保険外診療で費用が高額になりがちな以下のようなケースも、原則として控除対象に含めることができます。

申告の際はこれら費用の領収書をしっかり保管し、明細書に「インプラント治療〇〇円」「不妊治療〇〇円」など、具体的に記載しましょう。

美容目的費用・健康食品・差額ベッド代が除外される理由

医療費控除の対象外となるものも、把握しておきましょう。共通するのは「治療目的ではない」「社会通念上必要と認められない部分の支出」です。具体例と除外理由は以下の通りです。

「治療」と無関係な部分や、本人の任意選択による治療と関係ない部分は、控除対象から除外されます。また、マスクや消毒液などは病気予防のための衛生用品であり、治療費ではないため、医療費控除になりません。

昨今は、月額課金で医師にチャット相談できる「オンライン健康相談サービス」が登場しています。このサービスは診療行為ではないため、医療費控除の対象外です。

医療保険の給付金を受け取ったときの税金については、こちらのFAQもあわせてご覧ください。

医療保険・共済給付金と医療費控除の関係（二重取り不可）

医療費控除では、医療費の負担を保険などで補填された場合、その金額は控除対象から除外しなければなりません。具体的には、以下のような給付金は医療費を補填する金額として扱われます。

つまり、医療費を実質的に負担していない部分については、医療費控除を受けられません。

申告書の医療費控除欄には、これら補填金額を記入する欄があります。本来であれば差し引くべき金額を忘れてしまうと、「二重取り」が発生し、適切な税務申告ができません。

その結果、あとで税務署に指摘されたり不正申告とみなされペナルティの対象になったりする可能性があるため、注意が必要です。

医療費控除の計算手順と明細書作成

確定申告をするときは、年間で支払った医療費を正確に計上しなければなりません。計算方法と明細書を作成する方法について、詳しく解説します。

レシート整理・CSV取り込み・家計アプリ活用術

医療費控除を受けるには、1年間の医療費を合計して明細書にまとめる作業が必要です。まずは手元の領収書やレシートを整理し、以下の方法で明細を整理しましょう。

自身に合った方法で、年間の医療費データをまとめましょう。領収書原本は提出不要ですが、5年間の保存義務があるため、データ化後も廃棄せず保管してください。

電子帳簿保存法対応と領収書原本保存のポイント

2017年分の確定申告から、医療費控除の手続きは領収書提出不要に変更され、「医療費控除の明細書」を提出（または電子送信）する方式になりました。

ただし、領収書やレシートの原本は自宅で5年間保存する義務があります。税務署から求められた場合には、領収書原本やそれに準ずる書類の提示をしなければならない点に注意しましょう。

なお、電子データで医療費を管理している場合、データそのものを保存しておけば問題ありません。国税庁の医療費集計フォーム（Excel）に入力してCSV提出した場合、そのExcelやCSVファイルを5年間保存することで、領収書に代えることができます（領収書は保管）。

e-Tax申告時には領収書画像の送信は不要ですが、マイナポータル連携で取り込んだ医療費通知情報は、税務署側でも把握しています。整合性が合わないと指摘を受ける可能性があるため、明細と整合するように申告しましょう。

共働き・扶養家族の医療費合算ルール

医療費控除は、同一生計（家計を一つにしている）の親族であれば、誰が支払ったかに関係なく合算可能です。共働き夫婦で各自がそれぞれ医療費を払っていた場合でも、一方の配偶者が両方の医療費をまとめて申告して構いません。

また、別居している親に仕送りしているケースでも、その親の医療費を本人（仕送りする子）が負担していれば合算できます。「生計を一にする」という要件で、必ずしも扶養控除の対象である必要はありません。扶養家族になっていない配偶者や子でも、生計が一なら医療費控除の対象として計上できます。

e-Taxを使った確定申告プロセス

実際に、e-Taxを使って確定申告する際のプロセスについて見ていきましょう。

確定申告書とマイナポータル連携の流れ

医療費控除を受けるには、確定申告が必要です。申告様式としては所得税確定申告書AまたはBを使用します。申告書Aは給与所得者や年金所得者用のシンプルな様式、申告書Bは事業所得や不動産所得がある人も含め全員が使える汎用様式です。

なお、e-Taxを利用するにはマイナンバーカードの取得と初期設定が必要です。具体的には以下の流れで進めます。

マイナポータル連携を活用すれば書類の自動入力が可能で、年々手間が軽減されています。電子申告であれば、証明書類の添付省略や自動入力機能があるため、便利です。

なお、紙で確定申告する場合はマイナポータル連携を使えません。医療費通知がある場合はその原本を添付（または提示）するか、通知の内容を明細書に転記して提出する必要があります。

スマホ申告ステップ別ガイド（2025年版画面例）

スマートフォンから、医療費控除の申告手続きを完結させることも可能です。スマホで申告する際のステップは、以下のとおりです。

スマホ申告の画面レイアウトはPCとは異なりますが、案内に沿って進めれば迷わず入力できます。2025年版ではマイナポータル連携や医療費集計フォーム取込もスマホ上で可能となり、利便性が向上しています。

還付申告の期限と延長措置（時効5年）

医療費控除は、確定申告の「還付申告（税金が戻る申告）」に該当します。還付申告の場合、通常の確定申告期限（翌年3月15日）を過ぎても、5年間は申告可能です。

納める税金が多すぎた場合や還付される税金が少なすぎた場合に、これらの金額を正しい額に訂正するために提出する請求を「更正の請求」といいます。

例えば、2024年分（2025年2～3月申告分）の医療費控除は、2025年1月1日から2029年12月31日まで申告すれば還付を受けられます。この5年という期間は法定申告期限から起算されるため、過年度の還付申告をする際には早めに行動しましょう。

更正の請求で使う書式は、確定申告書とほぼ同じです。対象年分の申告書を改めて作成し、「更正の請求」と明記して提出すれば、還付を受けられます。

逆に、医療費控除を申告したものの保険金の差し引き漏れなどで本来より多い還付を受けてしまった場合は、気づいた時点で修正申告を行います。修正が必要な状況を放置し、税務調査で指摘されると、延滞税や重加算税といったペナルティが科される場合があります。

医療費控除を活用した資産形成・保険見直し戦略

医療費控除を通じて還付された税金は、どのような用途で使っても問題ありませんが、将来のための資産形成に充てることを検討しましょう。

また、医療費控除の仕組みを踏まえて、必要な民間保険についても検討します。

医療保険・就業不能保険の給付設計と控除の位置づけ

医療費控除だけでなく、民間の医療保険や就業不能保険（所得補償保険）も合わせて検討することで、万一の備えを強化できます。ここでは、医療費控除と民間保険の関係性、そして賢い給付設計の考え方を解説します。

医療費控除と民間医療保険の役割

医療費控除は、あくまで支払った医療費の一部を税金で後から取り戻す仕組みです。例えば、50万円の医療費を払って医療費控除を受けても、高所得者でもせいぜい17～20万円程度の節税にとどまります。

一方で、民間の医療保険に加入していれば、入院や手術の際に給付金が支払われます。治療費の自己負担額そのものを直接埋め合わせることが可能で、家計を楽にする効果は医療保険のほうが大きいでしょう。

高収入者に適した給付金設計

高収入層は貯蓄余力もあり、軽度の入院や通院であれば、医療費の自己負担が発生しても家計に大打撃とならない場合が多いでしょう。そのため、「大きなリスクのみ民間保険でカバーし、細かい部分は自己負担＋医療費控除で対応」という設計が合理的です。

数日程度の短期入院や外来治療費は貯蓄でカバーし、長期入院や高額療養費超過分は保険金で備えるという住み分けをすれば、保険料を最適化できるでしょう。

特に高収入層は所得税率が高いため、医療費控除で3割程度は戻ることを踏まえ、残りのリスクだけ保険でカバーするイメージです。

就業不能保険との組み合わせ

医療費控除や医療保険は治療費の穴埋めですが、高収入サラリーマンにとってもっと深刻なのは、長期療養による収入減少リスクです。長期間にわたって働けない状況に陥ったとき、収入減をカバーできるのが就業不能保険（所得補償保険）です。

長期の病気やケガで働けなくなった場合、毎月一定額の生活費を補償してくれる保険で、高収入の方ほど加入意義が大きい商品です。加入しておけば、公的な傷病手当金では賄いきれない高額な生活費・ローンなどの支出をカバーできます。

医療費控除は治療費の一部を還付されるにすぎず、収入補填にはなりません。長期的に働けなくなったとき、自分や家族の生活を維持するためにも、医療保険と就業不能保険を組み合わせるとよいでしょう。

就業不能保険に関しては、以下の記事で詳しく解説しています。

保険料控除との関係

民間保険には生命保険料控除があり、医療保険や就業不能保険に加入すると、税制上のメリットを受けられます。年間保険料のうち最大4万円（所得税）+2.8万円（住民税）が所得控除でき、この控除で1～2万円程度税金を軽減できます。

ただし、保険料控除は払った保険料のごく一部しか戻りません。「保険料控除があるからといって不要な保険まで入る」ことは本末転倒です。あくまで必要な保障に絞り、備えるべきリスクに対してのみ、保険でカバーしましょう。

控除で浮いたキャッシュをNISA・iDeCoへ投下するシナリオ

医療費控除によって得られた還付金や節税効果は、将来の資産形成に活かすこともできます。具体的には、医療費控除で浮いたお金をNISA（少額投資非課税制度）やiDeCo（個人型確定拠出年金）に投資することを検討しましょう。

医療費控除で戻ってきたお金を将来の資産形成に回すことで、単なる単年度の節税に留めず、長期的なリターンを狙えます。還付された税金は「臨時収入」のような位置づけとなるため、生活費に充てるのではなく、資産運用に充てましょう。

NISAとiDeCoは、いずれも非課税で資産運用できる制度です。効率よく資産形成を進めるうえで、利用しない手はありません。

新NISAやiDeCoについてよくあるFAQを紹介します。あわせて参考にしてみてください。

よくある誤解・失敗例と税務調査で指摘されやすいポイント

医療費控除に関するよくある誤解と、税務調査で指摘されやすいポイントなどを解説します。

インボイス非対応領収書の取り扱い

インボイス制度は消費税の仕入税額控除に関するものであり、医療費控除（所得税）には無関係です。多くの医療機関はそもそも消費税非課税事業（保険診療収入のみ）でインボイス発行義務がなく、領収書にもインボイス要件は記載されていない場合があります。

基本的に、税務署も医療費控除の領収書にインボイス記載があるかどうかはチェックしません。氏名・日付・金額・医療機関名が明記されていれば、問題なく医療費控除は申請できます。

オンライン診療・検査費用の最新取り扱い（2025年版）

オンライン診療（遠隔診療）やセルフチェック用の検査費用については、コロナ禍を経て取り扱いが明確化されました。

基本的には、医療費控除の原則通り「治療・診断のため必要なものは対象、単なる自己都合・予防目的対象外」と覚えておけば問題ありません。

保険給付金差し引き漏れの是正方法と具体的計算例

医療費控除を申告した後になって「入院給付金を差し引き忘れていた」と気づいた場合、どうすれば良いでしょうか。この保険金差し引き漏れはよくあるミスですが、正しい情報を反映させて「修正申告」として申告しましょう。

法定申告期限から5年以内であれば、修正申告が可能です。修正申告が遅れると、本来納めるべき税金に対して、延滞税が日割りで課されます。

修正申告は、提出済みの確定申告書と同じフォーマットで再度作成し、「修正申告書」である旨を記載して提出します。e-Taxでは、「提出方法の選択」で修正申告を選びましょう。

医療費控除額とそれに伴う所得税額が訂正されるため、税務署への申告後は不足税額を速やかに納付する必要があります。住民税については確定申告を通じて自動連携されるため、市区町村への届出は不要です（自治体から訂正後の住民税額通知が来ます）。

なお、生命保険会社が税務署に提出する支払調書には、契約者のマイナンバーの記載が義務付けられています。税務署は「どの保険会社が、誰にどの程度保険金を支払ったか」を把握できるため、間違いに気づいたら速やかに申告することが大切です。