医療費控除は「所得控除」という仕組みに分類されます。確定申告を行うことで課税所得が減額され、その結果としてまず所得税が軽減されます。さらに、この申告内容が市区町村へ引き継がれることで、翌年度の住民税（都道府県民税＋市区町村民税）も自動的に軽減される仕組みです。したがって、「医療費控除は何税から控除されるのか？」という問いに対しては、直接的には所得税、間接的には住民税からの減額効果があると理解するのが正確です。

医療費控除の対象となる金額は、1年間に支払った自己負担の医療費から、保険金などで補填された分を差し引き、さらに10万円（もしくは総所得金額の5%のいずれか少ない方）を差し引いた残額となります。この金額が最大200万円まで「所得控除」として扱われ、課税所得から引かれます。課税所得が減ることで、結果的に計算される所得税額が下がり、払い過ぎた分が還付されます。

住民税については、確定申告で医療費控除が適用されると、その情報が自治体に連携され、翌年度の住民税額の計算にも反映されます。住民税は一律10%（都道府県税4%、市区町村税6%）なので、控除額に10%をかけた分が翌年の住民税で減額されることになります。ただし、住民税は還付ではなく、翌年6月以降の納税額が下がるという形で反映されます。

たとえば、課税所得が500万円の方が30万円の医療費控除を受けると、所得税率が20%であれば30万円×20%＝6万円の還付が受けられます。同じく住民税も30万円×10%＝3万円が翌年度分として軽減されます。このように所得税と住民税の両方に効果があります。

申告手続きは、e-Taxまたは紙の確定申告書を使って行います。医療費控除を受けるためには、「医療費控除の明細書」の提出が必要ですが、領収書そのものの提出は不要となっており、5年間の保管義務があります。対象となる医療費は、その年の1月1日〜12月31日までに実際に支払った分です。未払いの医療費や、将来支払う予定のものは対象外です。

なお、医療費控除は「セルフメディケーション税制」との併用ができません。スイッチOTC医薬品を年間1.2万円以上購入している場合には、どちらの制度がより有利かを確認した上で選ぶことが重要です。

医療費控除については、「10万円を超えた分がすべて戻る」と誤解している方もいますが、実際には控除額に所得税率をかけた金額しか戻りません。また、控除を受けるのは所得税だけだと思っている方もいますが、住民税にも自動的に影響が及ぶことを忘れないようにしましょう。

以上のように、医療費控除は所得税と住民税の両方を軽減できる制度です。年末調整では処理されないため、自ら確定申告を行う必要がありますが、手続き自体はそれほど複雑ではありません。医療費の領収書や記録を整理しておけば、申告の際にスムーズに対応できます。還付金や住民税の軽減額は、控除額に各税率を掛けておおよそ見積もることができます。