セルフメディケーション税制（特定一般用医薬品等購入費）は、会社の年末調整では手続きできず、原則として本人が確定申告で申告します。この制度は、医療費控除の特例として位置づけられており、確定申告でのみ適用できる仕組みです。

控除される金額は、1年間に購入した対象OTC医薬品の合計額から1万2,000円を差し引いた部分です。差し引いた後の金額がそのまま「所得控除額」となり、上限は8万8,000円です。実際に戻る税金は、この控除額に所得税率と住民税率を掛けた分になります。たとえば控除額が5万円であれば、所得税率10％の人で約5,000円、さらに翌年度の住民税が約5,000円軽減されるイメージです。

申告にあたっては、対象となるOTC医薬品の購入額を集計し、明細書を作成します。レシートや領収書には「セルフメディケーション税制対象」といった表示が必要です。また、健康診断や予防接種などの「一定の取組」を行っていることが適用要件で、提出時の添付は不要ですが、税務署から確認を求められる可能性があるため、関連書類は5年間保管します。

なお、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年分で同時に使うことはできません。どちらか一方を選んで申告する必要があります。医療費が多くかかった年は医療費控除、病院代は少ないものの対象OTC医薬品の購入が多い年はセルフメディケーション税制が有利になりやすいため、控除額を比較して選ぶことが大切です。申告後に選択を変更できない点にも注意が必要です。