ふるさと納税は年末調整では手続きできません。会社に申告しても控除は受けられず、必ず「ワンストップ特例」か「確定申告」のいずれかで申請する必要があります。どちらの方法を選ぶかは、寄附の件数や所得の種類によって決まります。

給与所得だけで確定申告の必要がなく、寄附先が5自治体以内であれば、ワンストップ特例の対象になります。この場合、寄附先ごとに申請書とマイナンバー関連書類を翌年1月10日までに必着で提出することが条件です。住所や氏名が変わったときは変更届も必要です。申請が受理されれば、翌年6月以降の住民税が減額される形で控除が反映されます。

一方で、医療費控除や住宅ローン控除の初年度などで確定申告が必要な人や、6自治体以上に寄附した人は、確定申告でふるさと納税を申請します。この場合、寄附先から届く受領証明書（または共通証明書）と源泉徴収票をもとに、翌年2月中旬から3月中旬にかけて申告します。申告を行うと当年分の所得税が還付され、翌年6月以降の住民税も減額されます。

注意が必要なのは、ワンストップ特例を申請していても、後から確定申告が必要になった場合は特例が無効になる点です。その場合は、すべての寄附を確定申告にまとめて記載します。また、寄附金の決済日が年をまたぐと翌年分扱いになるため、年末ギリギリの寄附は決済完了日にも注意が必要です。

まとめると、ふるさと納税は年末調整では処理できず、ワンストップ特例か確定申告のどちらかを選ぶ必要があります。条件に合う方法を選び、期限内に正しい手続きをすれば、自己負担2,000円を除いた寄附額分の控除をきちんと受けられます。