ふるさと納税と医療費控除は、どちらか一方を選ぶ制度ではなく目的が異なりますが、負担を減らすという観点では医療費控除を優先するのが合理的です。医療費控除は既に支払った医療費の一部を取り戻すしくみであり、条件を満たしていれば使わないと損になりやすいためです。一方、ふるさと納税は翌年の住民税を前払いする制度で、返礼品が得られる半面、家計に余裕がある人向けの仕組みです。

医療費控除を使うと課税所得が下がり、住民税も減ります。その結果、ふるさと納税の控除上限額が小さくなるため、まず医療費控除の適用を前提に所得を試算し、その後にふるさと納税の寄付額を検討する順番が最も無理がありません。両方を使えなくなるわけではなく、医療費控除を使ったうえで上限の範囲内で寄付すれば問題なく併用できます。

手続き面では、医療費控除は確定申告が必須であり、ふるさと納税のワンストップ特例を使っていても確定申告をすると無効になるため、寄付金を申告に含める必要があります。総合すると、医療費控除を優先し、そのうえで家計に無理のない範囲でふるさと納税を活用する流れが最も負担を抑える方法です。