特定口座の損益通算では、上場株式や公募株式投資信託などの売却益・売却損、上場株式等の配当金が主な対象になります。特定口座では金融機関が年間の取引を計算し、年間取引報告書にまとめてくれるため、一般口座よりも申告準備はしやすくなります。

源泉徴収ありの特定口座では、同じ口座内の売却益と売却損は金融機関が自動的に通算し、納税も原則として完結します。配当金を同じ源泉徴収口座で受け取っている場合は、譲渡損失と配当金も口座内で通算できることがあります。

一方、源泉徴収なしの特定口座では、損益計算はされますが、税金は原則として確定申告で精算します。複数の証券会社の損益を通算したい場合、損失を翌年以後3年間繰り越したい場合も申告が必要です。

配当金と通算する際は、申告分離課税を選ぶ必要があります。総合課税を選ぶと譲渡損失との通算はできません。なお、NISA口座の損益は特定口座と通算できないため、口座区分と申告の影響を確認して判断することが大切です。