住宅ローン控除の還付金が少なく見える最大の理由は、控除額が「年末の住宅ローン残高×控除率」で決まっても、その全額がそのまま戻るわけではないためです。令和4年以降の入居では、一般に年末残高等に0.7％を掛けて各年の控除額を計算しますが、住宅の区分ごとに借入限度額・控除限度額があります。

さらに、住宅ローン控除は所得税の税額控除なので、実際の還付額はその年に納めた所得税額が上限です。年収水準、扶養控除や生命保険料控除などで所得税が少ないと、計算上の控除額より還付額は小さくなります。控除しきれない場合は翌年度の個人住民税から控除されることがありますが、ここにも上限があります。

また、会社員は2年目以降、年末調整で住宅ローン控除が反映されるため、確定申告後の追加還付が少額、または発生しないことがあります。加えて、繰上返済で年末残高が減っている、入居時期や住宅区分により上限が異なることも差が出る要因です。

確認するときは、「年末残高」「その年の所得税額」「年末調整で既に控除された額」「住民税での控除有無」を順に見ると、還付額が少ない理由を整理しやすいです。